LI-6800數(shù)據(jù)分析 | 文章的圖形和照片的拼接也可以用 R 啦

LI-6800高級(jí)光合-熒光測(cè)量系統(tǒng)

在文章中難免有太多需要拼圖的地方，例如作圖的時(shí)候直接將幾幅圖拼在一起，這種方式的拼圖比較好處理，有大量的軟件包做這個(gè)事情，例如優(yōu)秀的 patchwork，還有一種就是實(shí)驗(yàn)的拍照，需要拼圖，或者拍照和作圖拼在一起，這種方式我們通常都手動(dòng)處理，實(shí)際上，現(xiàn)在在 R 里也有解決方案了，那就是今天要介紹的 figpatch 軟件包，與 patchwork 是絕配。

安裝

安裝很簡(jiǎn)單，從 CRAN 即可，現(xiàn)在 github 不是那么好用：

要使用還是必須進(jìn)行一如既往的操作：

使用

我這里使用兩次 RACiR 測(cè)量的數(shù)據(jù)，因?yàn)檫@兩個(gè)數(shù)據(jù)來(lái)源于水稻，所以我網(wǎng)上隨便找了兩個(gè)水稻的圖片，當(dāng)做兩次測(cè)量的植株處理。

先將數(shù)據(jù)讀入：

后面簡(jiǎn)化操作步驟，用 ggplot2 默認(rèn)的 loess 方式擬合一下數(shù)據(jù)，不再進(jìn)行一個(gè)非線性擬合后在寫(xiě)入公式。

與作圖數(shù)據(jù)進(jìn)行拼圖

實(shí)際上測(cè)量時(shí)水稻是種在溫室里相鄰的兩個(gè)水池內(nèi)，長(zhǎng)勢(shì)也一致，這里只是作為演示用，所以不要誤會(huì)。

拼圖時(shí)圖形我們可以設(shè)置長(zhǎng)寬比，方便我們調(diào)整圖形的外觀，例如下面三個(gè)例子：

標(biāo)簽

作為標(biāo)準(zhǔn)的科研圖形，加標(biāo)簽很重要：

拼接照片

拼接照片也很方便：

拼接多個(gè)圖片

如果有大量的圖片，可以先把他們拼接成向量或列表，以及利用相關(guān)參數(shù)調(diào)整邊距等

添加特定文本

figpatch 實(shí)際上是對(duì)圖片進(jìn)行 ggplot2 包裹，他的 fig() 實(shí)際上是 ggplot 對(duì)象，labels則是坐標(biāo)軸 (x 或 y)。因而可以根據(jù)這個(gè)來(lái)定制特定文本的顯示。

參考資料鏈接